Мастер Чиф, вместе со Старшим-сержантом Джонсоном и Ковенантским Еретиком — Арбитром, продвигаются через джунгли к заставе Космического Командования Объединённых Наций (ККОН). По пути, Мастер Чиф начинает получать загадочные сообщения от Искусственного Интеллекта — Кортаны. Вскоре после прибытия на заставу, Ковенанты начинают штурм базы. После короткой битвы, в ходе которой застава оказывается уничтожена, Мастер Чиф получает приказ от Капитана Миранды Кейз (дочери капитана Кейза из первой игры) и лорда Худа очистить путь к африканскому городу Вой, а также уничтожить всю зенитную оборону ковенантов для предстоящей атаки на Пророка Истины (Prophet of Truth) и Артефакт. После того как Мастер Чиф и Арбитр уничтожают оборону, Пророк Истины активирует артефакт и создаёт огромный портал, через который уходят все корабли Ковенантов. Пока люди раздумывают что делать, из гиперпространства выпрыгивает ковенантский корабль, управляемый Потопом, или Флудом (англ. Flood), и быстро распространяется по всему городу.

Мастер Чиф и Арбитр пытаются отбить волны Потопа, и в этом им помогает новоприбывший флот Ковенантских Элитов, которые подвергают инфицированные территории ковровой бомбардировке, сжигая землю и превращая всё на своём пути в стекло. Миранда Кейз, Мастер Чиф, Арбитр и флот Элитов преследуют Пророка Истины. Они прыгают через тот же портал и оказываются возле огромного Космического сооружения (гораздо больше Колец (Halo — Кольцо с анг.), в которой они узнают упомянутый в конце 2 части Ковчег. Они узнают, что Ковчег находится далеко за пределами Млечного Пути. Прибывает 343 Виновная Искра (343 Guilty Spark) на транспорте Элитов, обещая Мастеру Чифу любую помощь, так как с уничтожением вверенного ему Кольца (в первой игре (Оракулы называют кольца — «Установка» поэтому в оригинале звучало так "После уничтожения ввереной мне Установки я окажу вам любую подсильную мне помощь)) у него осталось лишь одно запрограммированное задание — помощь Претенденту (англ. Reclaimer), то есть Мастеру Чифу. В роли гида, Виновная Искра ведёт спартанца и Арбитра в контрольный зал Ковчега, где им едва удаётся остановить Пророка Истины, прежде чем он смог бы активировать все Кольца в галактике (это бы уничтожило всё разумное в пределах 3-х радиусов Галактики). Капитан Миранда Кейз погибает в схватке, пытаясь спасти Джонсона.

Тем временем, «Высокое Милосердие», бывшая столица Ковенантов, заражённая Потопом, прибывает через гиперпространство. Казнив Пророка Истины, Арбитр и Мастер Чиф узнают что Ковчег находится в процессе создания ещё одного Кольца взамен того, которое уничтожил Мастер Чиф. Решив активировать кольцо чтобы уничтожить прибывший Потоп, Мастер Чиф и Арбитр сперва летят на «Высокое Милосердие» чтобы забрать оттуда Кортану, которая всё ещё в плену у Грэйвмайнда(англ. Gravemind) — лидера Флуда. После её спасения, они уничтожают «Высокое Милосердие», по видимому убив Грэйвмайнд.

Прибыв на новенькое Кольцо, они быстро узнают что Грэйвмайнд всё ещё жив, пытаясь воссоздать себя на новой конструкции. Мастер Чиф, Арбитр и Старший сержант Джонсон быстро пробираются в контрольный зал, где они пытаются активировать Кольцо. Виновная Искра понимает, что это уничтожит новое кольцо, так как оно всё ещё не закончено и убивает Джонсона при попытке активации. Тогда он восклицает Мастеру Чифу, «… Вы — Предтечи, но эта постройка МОЯ!», утверждая, что люди и есть Предтечи. Уничтожив Виновную Искру, Мастер Чиф активирует Хало и на военной машине «Вепрь»(англ. «Warthog») убегает вместе с Арбитром на «Рассвете», корабле ККОН.

На Земле проводятся почётные похороны погибших, а Арбитр улетает в свой родной мир. Многие считают, что Мастер Чиф не добрался до Земли. Но короткое видео после финальных титров раскрывает, что он и Кортана отделились от Арбитра когда секция корабля оторвалась во время прыжка. Дрейфуя в космосе, Кортана посылает маячок с сигналом о помощи, а Чиф садится в анабиозную камеру, ожидая спасения. Если игру пройти на Легендарной сложности, то видео продолжается сценой, где видна неизвестная планета, к которой приближается обломок.

Исток: ВикиПедия